AMĐNOASĐTLERĐN GENEL ÖZELLĐKLERĐ
Aminoasitlerin Yapısı
1. Prolin hariç aminoasitler
• ” R” yan zinciri ifade eder ve bir aminoasidin proteindeki rolünü belirleyen kısmıdır.
• Amino ve karboksil kısımları peptid bağının yapısına katılırlar ve hidrojen bağı olusumu dısında herhangi bir
kimyasal reaksiyona girmezler.
• Fizyolojik pH’da (7,4) amino grupları protonlanır (+ yüklü) – karboksil grupları disosiye olur (- yüklü)
2. Prolin
• Amino yerine imino grubu içerir. Prolin’in yan zinciri alfa-amino grubuyla birleserek bir halka yapısı
olusturur ve bu nedenle imino grubu tasır.
Amino grubu tasıyan aminoasitler (Prolin hariç hepsi) ninhidrinile mor kompleks olusturur.
Đmino grubu tasıyan aminoasit (Prolin) ninhidrin ile sarı kompleks olusturur.
Sınıflaması
1-Nonpolar aminoasitler
• Kimyasal reaksiyonlara katılmayan non-polar bir yan zincir içerirler.
o Bu yan zincirler hidrofobik olduklarından sulu çözeltilerde bulunan proteinlerin iç kısımlarını
doldurmaya çalısırlar ve proteinlerin üç boyutlu yapısından sorumludurlar.
1.Alifatik non-polar aminoasitler
1.Alanin
Yan zincir olarak hidrofobik bir metil grubu içerir. (Oligosakkaritlerle bağ YAPAMAZ)
Fonksiyonları:
1.Dolasımda amonyak tasır
2.Glisin
Yan zincir olarak bir H iyonu tasır.
Optik olarak aktif olmayan tek aa’dir (Polarize ısık düzlemini çeviremez).
Fonksiyonları:
1.Kollajenin yapısında bulunur (Kollajenin yapısında her 3 aa’den biri glisindir).
2.AsetilCoA, Glutatyon, Hem, Porfirin ve Pürin sentezine katılır (Melanin sentezine KATILMAZ)
3.KC’de safra asit konjugasyonu ve detoksifikasyonunda kullanılır.
3.Dallı zincirli alifatik aminoasitler
1. Đzolösin (Yan zincirinde iki asimetrik karbon atomu tasıdığından dört izomeri vardır.)
2. Lösin
3. Valin
2.Aromatik non-polar aminoasitler (UV ısığı absorbe ederler)
1.Fenilalanin
Yan zincir olarak hidrofobik bir fenil halkası tasır.
Fonksiyonları:
1.UV ısığı absorbe ettiğinden spektrofotometrik olarak bir solusyondaki protein konsantrasyonunun
ölçümünde kullanılır.
2.Triptofan
Yan zincir olarak indol halkası tasır.
Fonksiyonları:
1.Melatonin, nikotinamid ve seratonin’in prekürsörüdür.
2.UV ısığı absorbe ettiğinden spektrofotometrik olarak bir solusyondaki protein konsantrasyonunun
ölçümünde kullanılır.
3.Kükürtlü non-polar aminoasitler
1.Metionin
Yan zincirinde kükürt bağlı bir metil grubu tasır.
Fonksiyonları:
1.Protein sentezini baslatır.
2.Transmetilasyon reaksiyonlarında S-adenozil metionin seklinde metil grubu vericisidir
3.Vücuttaki kükürt içeren bilesiklerin hemen hemen hepsinin kaynağıdır.
4.Ornitin ile birlikte spermin ve spermidin’in öncülüdür.
4.Đmino içeren non-polar aminoasitler
1.Prolin
Amino yerine imino grubu içerir.
Rotasyonu engelleyen rijit bir halka yapısı vardır. Bu nedenle polipeptid zincirlerinde katlanmayı zorlastırır.
Fonksiyonları:
1.Kollajenin yapısında bulunur.
2-Polar aminoasitler
1.Yüksüz polar aminoasitler
1.Aromatik polar aminoasitler
1.Tirozin
Fenilalaninden sentezlenir.
Yan zincir olarak fenolik hidroksil grubu tasır.
Fizyolojik pH’da aniyonize haldedir.
Fonksiyonları:
1.Melanin, katekolamin ve tiroksin’in öncülüdür.
2.UV ısığı absorbe ettiğinden spektrofotometrik olarak bir solusyondaki protein konsantrasyonunun
ölçümünde kullanılır.
2.Hidroksilli polar aminoasitler
1.Serin
Zayıf asidik OH grubu içerir.
Protein yapısında fosforlanan en önemli aa’dir.
Fosforile olan aa’ler (Proteinlerin fosforilasyonu sırasında fosfat alıcısı aa’ler)
1.Serin
2.Tirozin
3.Treonin
Fonksiyonları:
1.Birçok enzimin aktif bölgesini olusturur
2.Fosfo- ve glikoproteinlerdeki bağların yapısında bulunur.
2.Treonin
Yan zincirinde iki asimetrik karbon atomu tasıdığından dört izomeri vardır.
Fonksiyonları:
1.Fosfo- ve glikoproteinlerdeki bağların yapısında bulunur.
3.Kükürtlü polar aminoasitler
1.Sistein
Ancak metionin varlığında sentezlenebilir.
Yan zincirinde sülfidril (-SH) grubu tasır.
Fonksiyonları:
1.Bir çok enzimin aktif bölgesinde bulunur.
2.Keratinde bulunur.
3.Đki sistein’in -SH grupları okside olarak (disülfid (S-S) bağı olusturarak) sistin molekülü olusturur.
4.Taurin’in kaynağıdır (Safra tuzu olusumunda rol .................More Read....
Absorbance assays are fast and convenient, since no additional reagents or incubations are required. No protein standard need be prepared. The assay does not consume the protein. The relationship of absorbance to protein concentration is linear. Because different proteins and nucleic acids have widely varying absorption characteristics there may be considerable error, especially for unknowns or protein mixtures. Any non-protein component of the solution that absorbs ultraviolet light will intefere with the assay. Cell and tissue fractionation samples often contain insoluble or colored components that interfere. The most common use for the absorbance assay is to monitor fractions from chromatography columns, or any time a quick estimation is needed and error in protein concentration is not a concern. An absorbance assay is recommended for calibrating bovine serum albumin or other pure protein solutions for use as standards in other methods.
Concentration (mg/ml) = Absorbance at 280 nm divided by path length (cm.)
Pure protein of known absorbance coefficient. Use the following formula for a path length of 1 cm. Concentration is in mg/ml, %, or molarity depending on which type coefficient is used.
concentration = Absorbance at 280 nm divided by absorbance coefficient
To convert units, use these relationships:
Mg protein/ml = % protein divided by 10 = molarity divided by protein molecular weight
Unknowns with possible nucleic acid contamination. Use the following formula to estimate protein concentration:
Concentration (mg/ml) = (1.55 x A280) – 0.76 x A260)
Absorbance coefficients of some common protein standards:
Assay materials including color reagent, protein standard, and instruction booklet are available from Bio-Rad Corporation. The method described below is for a 100 µl sample volume using 5 ml color reagent. It is sensitive to about 5 to 200 micrograms protein, depending on the dye quality. In assays using 5 ml color reagent prepared in lab, the sensitive range is closer to 5 to 100 µg protein. Scale down the volume for the “microassay procedure,” which uses 1 ml cuvettes. Protocols, including use of microtiter plates are described in the flyer that comes with the Bio-Rad kit.
The Bradford reagent should be a light brown in color. Filtration may have to be repeated to rid the reagent of blue components. The Bio-Rad concentrate is expensive, but the lots of dye used have apparently been screened for maximum effectiveness. “Homemade” reagent works quite well but is usually not as sensitive as the Bio-Rad product.